Les biofonderies sont des plateformes robotisées de bio-ingénierie à haut débit qui permettent d’accélérer les projets de biologie de synthèse, aussi bien pour des projets fondamentaux visant à mieux comprendre le vivant par la construction, que pour le développement technologique et l’innovation.

La Biofonderie de Paris (Paris Biofoundry, PBF), la première biofonderie académique en France, est une biofonderie distribuée unique en Europe, répartie sur quatre sites de la Région Île-de-France (Sorbonne Université, Institut Curie, Institut Micalis, Genopole). La PBF donne accès, pour les laboratoires et entreprises, aux technologies de pointe nécessaires pour accélérer la recherche fondamentale, la recherche appliquée et translationnelle, le développement industriel et l’innovation en Île-de-France avec l’ambition de structurer la filière de l’ingénierie du vivant aux niveaux régional et national.

La structuration multisite de la PBF (voir plus bas) lui permet de mieux répondre aux besoins de la filière en offrant des possibilités d’ingénierie sur de multiples châssis (bactéries, levures, microalgues, cellules de mammifères, cellules humaines, systèmes acellulaires) en favorisant les usages multiples pour la recherche académique et industrielle, pour l’innovation dans des domaines variés allant de la santé à l’énergie, en passant par les matériaux ou l’environnement, et allant jusqu’à la mise à l’échelle et la contractualisation industrielle.

Dans le cadre d’un programme SESAME Filière France 2030 cofinancé par l’Etat et la Région Île-de-France, la PBF co-financera des projets exploratoires à hauteur de 50% du budget total (jusqu’à 50.000€ PBF + équivalent porteur). Les porteurs ne recevront pas de financement directement mais leurs projets menés à la PBF seront pris en charge à hauteur de 50%. Les expériences des projets sélectionnés bénéficieront de l’implication d’ingénieurs de recherche dédiés.

La biofonderie de l’Alliance Sorbonne Université – Campus Pierre et Marie Curie (Jussieu), Paris, Sorbonne Université, Université de Technologie de Compiègne, UAR 2037 CNRS, US62 INSERM

Biofonderie intégrée effectuant l'ensemble du cycle DBTL chez des microorganismes modèles hétérotrophes (E. coli, S. cerevisiae) mais aussi autotrophes (microalgues). Cette biofonderie dispose de l'infrastructure pour assurer la construction de l'ADN (DNA foundry) pour l’ensemble des sites de la PBF et pour la maintenance des collections de briques ADN (DNA repository). Une plateforme d’ingénierie et phénotypage (Microbe foundry, plateforme de protéomique et métabolomique) permet de développer des projets de recherche fondamentaux ou appliqués chez des microorganismes modèles.

La Biofonderie Curie - Institut Curie, Paris, Université PSL, Sorbonne Université

La Biofonderie Curie met en place une infrastructure dédiée à l'ingénierie des cellules de mammifères en s'appuyant sur le plateau technique BMBC du laboratoire de Physique (UMR168) pour la partie conception et construction et avec la contribution de la plateforme BioPhenics - plateforme de criblage cellulaire robotisée – pour les étapes de caractérisations. Grâce aux procédés d’automatisation de culture cellulaire et de criblage, le site de l'institut Curie permet à la PBF de développer des programmes innovants en biologie de synthèse orientés vers l’ingénierie de cellules de mammifères et l’utilisation de bactéries à des fins thérapeutiques.

La biofonderie industrielle GATE^x de Genopole - biocluster Genopole, Evry-Courcouronnes

Cette biofonderie est destinée à valider le screening des souches (bactéries aérobies et levures) et substrats, et à démontrer la viabilité industrielle des projets académiques et de start-up en développement dans les domaines de la bioéconomie et de la santé. Elle dispose de l'ensemble de l’infrastructure pour assurer la mise à l'échelle (scale-up) indispensable pour la montée en TRL (Technology Readiness Level) des projets de bio-ingénierie. Elle se focalise sur des châssis d'intérêt industriel (bactéries, levures) et permet la bioproduction (USP/DSP) en fermentation jusqu’à 20 litres. Au sein de la PBF, elle permet le développement de projets de biologie de synthèse vers le stade de démonstrateur industriel. Son rôle d’interface lui permet en outre d’assurer une mise en relation et une pré-contractualisation auprès d’industriels pour une bioproduction à très grande échelle.

La biofonderie Cell-Free – INRAE, AgroParisTech, Université Paris-Saclay

La biofonderie Cell Free (CF) de l’institut Micalis free (https://www.micalis.fr/equipe/cell-free/) est dédiée à la production et au criblage fonctionnel d'enzymes et de protéines thérapeutiques ainsi qu'à la détection de biomarqueurs (cliniques ou environnementaux) à l'aide de dispositifs transcriptionnels et translationnels. Pour optimiser la productivité des systèmes acellulaires et réduire la variabilité entre les lots, la biofonderie permet de standardiser la préparation des extraits en trouvant la composition optimale des tampons énergétiques et du matériel génétique afin de maximiser les processus de transcription et de traduction à partir d'ADN linéaire ou plasmidique. Capable de travailler à partir d’extraits de cellules E. coli aux d’autres souches (composants purifiés, bactéries, levures et mammifères), la biofonderie CF utilise de nouvelles méthodes d'IA telles que l'apprentissage actif et l'apprentissage par renforcement pour maximiser la reproductibilité entre les lots et optimiser le processus de transcription.

Plus de détails sur la Biofonderie de Paris sur : https://parisbiofoundry.org/fr/accueil-francais/

Dans le cadre du financement Sésame Filières France 2030 cofinancé par l’Etat et la Région Île-de-France, la Biofonderie de Paris lance un appel à projets visant à soutenir le développement de projets scientifiques expérimentaux en biologie de synthèse s’appuyant sur ses capacités technologiques automatisées à haut débit.

Cet appel à projets scientifiques de la Biofonderie de Paris est ouvert du 01/12/2025 au 20/02/2026, avec un début des travaux dès juin 2026. Avec un budget prévisionnel d’environ 430 000 € - dont 250 000€ pour les consommables et 180 000€ pour les ingénieurs de recherche dédiés.

Le projet doit concerner une approche de biologie de synthèse en lien avec au moins un des 4 axes thématiques suivants de la Biofonderie de Paris :

1)      Synthèse de briques ADN et assemblage de plasmides à haut débit (plaque 96 puits (technologie MoClo¹)

2)      Ingénierie du vivant : modifications génétiques, génotypage, phénotypage (FACS, microscopie, fluorescence, protéomique, métabolomique) des châssis (ou d’espèces proches) de la PBF.

3)      Ingénierie acellulaire : criblage, bioproduction, biodétection (extraits cellulaires ou PURE)

4)      Tests de mise à l’échelle (du litre à la dizaine de litres) de la production biologique.

Vous pouvez présenter une seule demande par investigateur principal pour le financement d’un projet. Le montant de la subvention décidée par la Biofonderie de Paris est un montant maximum.

Rappel : Ces projets exploratoires sont cofinancés à hauteur de 50% du budget total (jusqu’à 50.000€ PBF + équivalent porteur).